FBI-utredarna Jess och Ray är tillsammans med distriktsåklagaren Claire ett tätt sammansvetsat team. Men det brutala mordet på Jess tonårsdotter splittrar utredningsgruppen och mördaren lyckas gå fri. 13 år senare får Ray upp ett nytt spår och söker upp Jess och Claire. Jakten på mördaren går vidare och många obehagliga sanningar blottas på vägen. 

Trots riktigt bra skådisar når inte ”Secret in their eyes” hela vägen fram. Visst, den ställer några intressanta frågor om skillnaden mellan rättvisa och hämnd men manuset är tunt och alldeles för många trådar lämnas lösa.